ガールアームズ（GA）を出撃させることで拠点を制圧することが出来ます。
拠点を制圧することで、メインストーリーが進行する他、GAの経験値、戦功、資源、アイテム（武器箱）などが入手できます。
制圧戦は、各章からなる通常拠点と、基地外周の２種類あり、通常拠点は制圧回数を消費するのに対して、基地外周は制圧回数に関係なく何度も挑戦できます。
通常拠点を制圧した場合、次の拠点が出現します。
また、一度制圧した拠点はその後も再侵攻出来るようになります。
手動戦闘と自動戦闘
手動戦闘と自動戦闘の2種類が選べます。
『手動戦闘』は、シミュレーション画面での戦闘になります。手間はかかりますが、格上の敵でも作戦次第で倒すことが可能です。
『手動戦闘』は、戦闘の結果だけをが表示されます。すぐに終了しますので手軽ではありますが、明らかに格下の相手でも大量のＥＮを消費してしまいます。
拠点戦
制圧回数を消費します。戦功、アイテムの入手もあります。
8ステージ目にはボスユニットがいます。
通常より強いユニットですので充分に育ててから臨みましょう。
8ステージ目の再挑戦は出来ません。
ただし、メンテ後には一度だけ再挑戦できるようになります。
第1章
第2章
第3章
第4章
第5章
基地外周
制圧回数を消費しないので、レベル上げや資源の採取に使えます。
ただし、戦功、アイテムの入手は出来ません。
採取できる資源は、場所によって取れる量が違います。
基本的は、平地＝金属、森林＝石油、廃墟＝電力、晶窟＝晶石、がより多い量の採取が期待できます。
ハードモード
ハードモードは、敵が強いですが、クリアすると『光珠』が手に入れることが出来ます。
ただし、戦功、アイテムの入手は出来ません。
また、制圧回数を2つ消費するので注意が必要です。
第1章【ハード】
